Rの統計メモ
フリーの統計ソフトRの使い方はよく忘れるので、気が向いた時にここにメモります。
私はRStudioというツールでRの統計を見ていますが、①「R」のインストール →②「RStudio」のインストールを参照サイトを参考にしてインストールして下さい(RStudio自体にRは入っていないので、先にRをインストールする必要がある)。
少し配置替えをした現在立ち上げた状態のRStudio。
Rのプログラミングはファイルとして保存できます。
「File」→「New File」→「R Script」で作ったコンソールの中にいろいろプログラミングを書き込みます。
【マン・ホイットニーのU検定】
検定するファイルを用意します。今回は魚Aと魚Bの全長を比較します。
Excelのトップに比較する種や集団などの「group」、長さや重さなどの「x」の項目を作り、その下に計測値を入れます。今回、欠測値は空欄（赤ボックス）にしています。
Excelで作ったファイルは拡張子を「csv」形式で保存します。
デスクトップ上にRに使うファイルをまとめたフォルダがあると便利です。
今回は「D-ron」というフォルダを作りました。
適当に文字を書いて、一旦保存します。「D-ron」に「TL」という名前にしたRファイルを保存します（拡張子は「R」で保存される）。
今度は保存された「TL.R」を開いてみます。開くのは矢印の順で。
それではファイルを読み込むための手順です。まず以下のように書き込みました。
setwd("C:/D-ron")
kaiseki<-read.csv("TL.csv", header=T)
kaiseki
・setwdはCドライブの「D-ron」フォルダ中にあるRファイルを読み込むことを意味します。
・kaiseki<-read.csv("TL.csv", header=T) は「kaiseki」という言葉に「read.csv("TL.csv", header=T)」のプログラムを入れることを意味します。
kaiseki ← read.csv("TL.csv", header=T) という感じに矢印と考えるとわかりやすいですね。
・#はメモ書きみたいなもので、この後ろにある文字はプログラムに影響しません。
プログラムを走らせるには、Rコンソール上に書き込んだプログラムをドラッグして「Run」または「Ctl+Enter」をします。
すると、ExcelのデータがRStudio上で展開します。空欄にしていた欠測値は「NA」と表示されます。
ここからが少しややこしいですが、続いて、①魚Aと魚Bをそれぞれ分けるプログラムと、②NAを読み飛ばすプログラムを入れて、オンラインで公開されている青木繁伸先生のU検定のコードを利用しました。それが以下のプログラムです。
kaiseki1 <- kaiseki[kaiseki$group == 'A',] #groupからA行を抽出
kaiseki1
kaiseki2 <- kaiseki[kaiseki$group == 'B',]
kaiseki2
kaisekiA <- kaiseki1$x[!is.na(kaiseki1$x)] # A行のNA読み飛ばし抽出
kaisekiA
kaisekiB <- kaiseki2$x[!is.na(kaiseki2$x)]
kaisekiB
source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/U_test.R", encoding = "euc-jp")
U.test(kaisekiA, kaisekiB, correct = FALSE) # 青木繁伸先生のU検定
U検定の検定結果が出ました。
U = 485.0000, E(U) = 527.0000, V(U) = 5794.3397, Z-value= 0.5518, p-value = 0.5811
ここで重要なのが、U値= 485.0、Z値= 0.5518、P値= 0.5811です。
今回の場合はP値が P > 0.05なので、有意差は無しという結果になりました。
【基本統計量・平均・標準偏差】
lapply(split(kaiseki,kaiseki$group),summary) #基本統計量 全数からNAを引いた値が各列の個数
mean(kaiseki1$x, na.rm=T)#平均 NA 値を除いて計算 A行
sd(kaiseki1$x, na.rm=T)#標準偏差 excelのSTDEVと同じ
【フィッシャーの正確確率検定】
こちらのサイトを参照。
【ANOVA】
こちらのサイトを参照。
【Rの参照サイト】
青木繁伸先生のHP
2015年4月28日作成 
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